Von einer modifizierenden Auflage spricht man, wenn eine Behörde eine vom Antrag inhaltlich abweichende Genehmigung erteilt.

Beispiel: A beantragt eine Baugenehmigung für ein dreistöckiges Haus. Die Behörde genehmigt ein Haus mit zwei Stockwerken.

Folge der Annahme einer modifizierenden Auflage ist nach der Rechtsprechung, dass die Änderung kein selbständiger Verwaltungsakt ist und daher auch nicht selbständig angefochten werden kann (siehe unter isolierte Anfechtungsklage).

Zur Abgrenzung siehe unter Nebenbestimmung.