Bei der Bundesauftragsverwaltung führen, ähnlich wie bei der Bundesaufsichtsverwaltung, die Länder die Bundesgesetze aus. Soweit ein Bundesgesetz mit Zustimmung des Bundesrates nichts anderes bestimmt, regeln sie die Einrichtung der Behörden.

Die Bundesauftragsverwaltung ist zwingend in Art. 90 Abs. 2 (Verwaltung der Bundesstraßen), 104a Abs. 3 S. 2, 108 Abs. 3 vorgeschrieben (obligatorische Auftragsverwaltung) und wird zugelassen in Art. 87b Abs. 2, 87c, 87d Abs. 2, 89 Abs. 2 S. 3 und 4, 120a (Lastenausgleich) GG (fakultative Auftragsverwaltung). In weiteren, nicht im GG genannten Fällen, ist sie nicht zulässig. Zur Auftragsverwaltung gehört z.B. gemäß Art. 87c GG iVm Art. 74 Nr. 11a GG das Atomgesetz.

1. Aufsicht

Unterschiede zur Bundesaufsichtsverwaltung: Neben der Rechtsaufsicht ist auch eine Fachaufsicht möglich, die zuständige oberste Bundesbehörde kann denn Landesbehörden gemäß Art. 85 Abs. 3 GG Weisungen erteilen. Das Verwaltungsverfahren wird immer vom Bund geregelt.

Beispiel: Im Rahmen der Ausführung des Atomgesetzes im Auftrag Bundes wurde die Atomaufsichtsbehörde Baden-Württembergs 2001 vom damaligen Bundesumweltminister Trittin angewiesen, die Betriebsgenehmigung des Atomkraftwerks Obrigheim erneut zu überprüfen.

Die Länder sind nicht befugt die Ausführung einer Weisung zu verweigern, weil sie sie für rechtswidrig halten. Ihn stehen aber Rechtsmittel offen.

2. Rechtsmittel

Die Länder können sich wegen Weisungen die sie für rechtswidrig halten mittels einer Klage gemäß Art. 93 Abs. 1 Nr. 3 GG an Bundesverfassungsgericht wenden.